משתלות שוטן נמצאות בפיקוח כשרות צמוד של משגיח מטעם המכון לחקלאות עפ"י התורה ומאושרות ע"י הרבנות הראשית.
כמו כן המשתלות פועלות תחת רשיון של השירותים להגנת הצומח מבוקרים ומפוקחים על ידם לסטנדרטים של נקיון ממחלות ווירוסים.
משתלות שוטן חברים במועדון השתלנים הישראלי, ומייצרים את השתילים עפ" הסטנדרטים המקובלים.
משתלות שוטן הינן בין המשתלות היחידות בארץ המגדלות ומשווקות שתילים בהתאמה לדרישות תקן GLOBALG.A.P . -תקני איכות בינלאומיים .
